Boipeba é um dos locais de colonização mais antigos da Bahia, pois, em 1537, os jesuítas fundaram a Aldeia e Residência de Boipeba. A ilha é formada pelos povoados de Velha Boipeba, São Sebastião (Cova da Onça), Moreré e Monte Alegre.

Os únicos acessos são marítimo ou fluvial. O acesso fluvial é mais utilizado devido à segurança oferecida pelas águas calmas do estuário. No entanto, este acesso pelos canais é dificultado pela pequena profundidade e existência de bancos de areia.

Para a ilha não atravessam automóveis, sendo os percursos feitos a pé ou de trator. Esta característica desempenha um papel importante na conservação ambiental e provoca a motivação do turismo ecológico.